A full list of publications is available at Google Scholar and Iowa Research Online

 

Publications from 2018 to 2024:

 

[1]M. F. A. Chaudhary, S. E. Gerard, G. E. Christensen, C. B. Cooper, J. D. Schroeder, E. A. Hoffman, and J. M. Reinhardt, “LungViT: Ensembling Cascade of Texture Sensitive Hierarchical Vision Transformers for Cross-Volume Chest CT Image-to-Image Translation,” IEEE Trans. Medical Imaging, vol. PP, Feb 2024. PMID: 38373126. [ DOI ]
[2]A. M. Baschnagel, M. J. Flakus, E. M. Wallat, A. E. Wuschner, R. J. Chappell, R. A. Bayliss, R. J. Kimple, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, M. F. Bassetti, and J. E. Bayouth, “A Phase 2 Randomized Clinical Trial Evaluating 4DCT Ventilation-based Functional Lung Avoidance Radiotherapy for Non-Small Cell Lung Cancer,” Int J. Radiat Oncol Biol Phys, Feb 2024. PMID: 38387810. [ DOI ]
[3]A. E. Galloy, J. M. Reinhardt, and M. L. Raghavan, “Role of lung lobar sliding on parenchymal distortion during breathing,” J Appl Physiol, vol. 135, pp. 534--541, Sept. 2023. PMID: 37439240. [ DOI ]
[4]Z. W. Althof, S. E. Gerard, A. Eskandari, M. S. Galizia, E. A. Hoffman, and J. M. Reinhardt, “Attention U-net for automated pulmonary fissure integrity analysis in lung computed tomography images,” Sci Rep, vol. 13, p. 14135, Aug. 2023. PMID: 37644125. [ DOI ]
[5]W. McKleroy, T. Shing, W. H. Anderson, M. Arjomandi, H. A. Awan, I. Barjaktarevic, R. G. Barr, E. R. Bleecker, J. Boscardin, R. P. Bowler, R. G. Buhr, G. J. Criner, A. P. Comellas, J. L. Curtis, M. Dransfield, C. M. Doerschuk, B. A. Dolezal, M. B. Drummond, M. K. Han, N. N. Hansel, K. Helton, E. A. Hoffman, R. J. Kaner, R. E. Kanner, J. A. Krishnan, S. C. Lazarus, F. J. Martinez, J. Ohar, V. E. Ortega, R. Paine, S. P. Peters, J. M. Reinhardt, S. Rennard, B. M. Smith, D. P. Tashkin, D. Couper, C. B. Cooper, and P. G. Woodruff, “Longitudinal Follow-Up of Participants With Tobacco Exposure and Preserved Spirometry,” JAMA, vol. 330, pp. 442--453, Aug. 2023. PMID: 37526720.
[6]M. J. Flakus, A. E. Wuschner, E. M. Wallat, M. Graham, W. Shao, D. Shanmuganayagam, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, and J. E. Bayouth, “Validation of CT-based ventilation and perfusion biomarkers with histopathology confirms radiation-induced pulmonary changes in a porcine model,” Sci Rep, vol. 13, p. 9377, June 2023. PMID: 37296169. [ DOI ]
[7]P. R. Amudala Puchakayala, V. L. Sthanam, A. Nakhmani, M. F. A. Chaudhary, A. Kizhakke Puliyakote, J. M. Reinhardt, C. Zhang, S. P. Bhatt, and S. Bodduluri, “Radiomics for Improved Detection of Chronic Obstructive Pulmonary Disease in Low-Dose and Standard-Dose Chest CT Scans,” Radiology, vol. 307, p. e222998, June 2023. PMID: 37338355. [ DOI ]
[8]M. J. Flakus, S. P. Kent, E. M. Wallat, A. E. Wuschner, E. Tennant, P. Yadav, A. Burr, M. Yu, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, J. E. Bayouth, and A. M. Baschnagel, “Metrics of dose to highly ventilated lung are predictive of radiation-induced pneumonitis in lung cancer patients,” Radiother Oncol, vol. 182, p. 109553, May 2023. PMID: 36813178.
[9]M. J. Flakus, A. E. Wuschner, E. M. Wallat, W. Shao, J. Meudt, D. Shanmuganayagam, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, and J. E. Bayouth, “Robust quantification of CT-ventilation biomarker techniques and repeatability in a porcine model,” Med Phys, Mar. 2023. PMID: 36999913.
[10]E. M. Wallat, A. E. Wuschner, M. J. Flakus, S. E. Gerard, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, and J. E. Bayouth, “Predicting pulmonary ventilation damage after radiation therapy for nonsmall cell lung cancer using a ResNet generative adversarial network,” Medical Physics, pp. 3199--3209, Feb. 2023. PMID: 36779695. [ DOI | http ]
[11]M. F. A. Chaudhary, E. A. Hoffman, J. Guo, A. P. Comellas, J. D. Newell, Jr, P. Nagpal, S. Fortis, G. E. Christensen, S. E. Gerard, Y. Pan, D. Wang, F. Abtin, I. Z. Barjaktarevic, R. G. Barr, S. P. Bhatt, S. Bodduluri, C. B. Cooper, L. Gravens-Mueller, M. K. Han, E. A. Kazerooni, F. J. Martinez, M. G. Menchaca, V. E. Ortega, I. Paine, Robert, J. D. Schroeder, P. G. Woodruff, and J. M. Reinhardt, “Predicting severe chronic obstructive pulmonary disease exacerbations using quantitative CT: a retrospective model development and external validation study,” Lancet Digit. Health, vol. 5, pp. e83--e92, Feb. 2023. PMID: 36707189. [ DOI ]
[12]D. S. Carmo, J. Ribeiro, A. P. Comellas, J. M. Reinhardt, S. E. Gerard, L. Rittner, and R. A. Lotufo, “MEDPSeg: End-to-end segmentation of pulmonary structures and lesions in computed tomography,” 2023. [ arXiv ]
[13]D. S. Carmo, R. A. Tudas, A. P. Comellas, L. Rittner, R. A. Lotufo, J. M. Reinhardt, and S. E. Gerard, “Automatic segmentation of lung findings in CT and application to long COVID,” 2023. [ arXiv ]
[14]M. F. A. Chaudhary, S. E. Gerard, G. E. Christensen, C. B. Cooper, J. D. Schroeder, E. A. Hoffman, and J. M. Reinhardt, “LungViT: Ensembling cascade of texture sensitive hierarchical vision transformers for cross-volume chest CT image-to-image translation,” 2023. ArXiv. [ arXiv ]
[15]M. J. Flakus, A. E. Wuschner, E. M. Wallat, W. Shao, D. Shanmuganayagam, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, K. Li, and J. E. Bayouth, “Quantifying robustness of CT-ventilation biomarkers to image noise,” Front Physiol, vol. 14, p. 1040028, 2023. PMID: 36866176.
[16]S. E. Gerard, M. F. A. Chaudhary, J. Herrmann, G. E. Christensen, R. San Jose Estepar, J. M. Reinhardt, and E. A. Hoffman, “Estimation of regional lung volume change from paired and single CT images using residual regression neural network,” Medical Physics, 2023. PMID: 37024309. [ DOI ]
[17]Y. Pan, D. Wang, M. F. A. Chaudhary, W. Shao, S. E. Gerard, O. C. Durumeric, S. P. Bhatt, R. G. Barr, E. A. Hoffman, J. M. Reinhardt, and G. E. Christensen, “Robust Measures of Image-Registration-Derived Lung Biomechanics in SPIROMICS,” J Imaging, vol. 8, Nov. 2022. PMID: 36422058. [ DOI ]
[18]S. P. Bhatt, S. Bodduluri, M. T. Dransfield, J. M. Reinhardt, J. D. Crapo, E. K. Silverman, S. Humphries, D. A. Lynch, and M. J. Strand, “Acute Exacerbations Are Associated with Progression of Emphysema,” Ann Am Thorac Soc, Aug. 2022. PMID: 35914221. [ DOI | http ]
[19]S. P. Bhatt, S. Bodduluri, A. Nakhmani, Y. I. Kim, J. M. Reinhardt, E. A. Hoffman, A. Motahari, C. G. Wilson, S. M. Humphries, E. A. Regan, and D. L. DeMeo, “Sex Differences in Airways at Chest CT: Results from the COPDGene Cohort,” Radiology, p. 212985, Aug. 2022. PMID: 35916677. [ DOI | http ]
[20]A. E. Wuschner, M. J. Flakus, E. M. Wallat, J. M. Reinhardt, D. Shanmuganayagam, G. E. Christensen, and J. E. Bayouth, “Measuring Indirect Radiation-Induced Perfusion Change in Fed Vasculature Using Dynamic Contrast CT,” J Pers Med, vol. 12, July 2022. PMID: 36013203. [ DOI | http ]
[21]S. E. Mason, R. Moreta-Martinez, W. W. Labaki, M. J. Strand, E. A. Regan, J. Bon, R. San Jose Estepar, R. Casaburi, M. L. McDonald, H. B. Rossiter, B. Make, M. T. Dransfield, M. K. Han, K. Young, J. L. Curtis, K. Stringer, G. Kinney, J. E. Hokanson, R. San Jose Estepar, G. R. Washko, J. D. Crapo, E. K. Silverman, S. Cummings, K. Madden, B. J. Make, J. Nabbosa, E. Port, S. Rashdi, E. A. Regan, L. Stepp, S. Watts, M. Weaver, T. Beaty, R. P. Bowler, J. D. Crapo, J. L. Curtis, M. K. Han, J. E. Hokanson, D. A. Lynch, B. J. Make, E. A. Regan, E. K. Silverman, M. J. Strand, G. Anderson, E. R. Bleecker, H. O. Coxson, R. G. Crystal, J. C. Hogg, M. A. Province, S. I. Rennard, T. Croxton, W. Gan, L. A. Postow, L. M. Viviano, C. Costa-Davis, E. Malanga, D. Prieto, R. Tal-Singer, H. Farzadegan, A. Hadji, L. Sathe, M. J. Strand, D. Baraghoshi, G. Chen, J. Crooks, R. Knowles, K. Pratte, C. Wilson, P. T. Zelarney, J. D. Crapo, R. P. Bowler, K. J. Kechris, S. Leach, E. A. Regan, J. E. Hokanson, E. E. Austin, A. Czizik, G. Kinney, Y. Li, S. M. Lutz, M. F. Ragland, N. Richmond, K. A. Young, M. Cho, P. J. Castaldi, K. Glass, C. Hersh, W. Kim, Y. Y. Liu, E. K. Silverman, T. Beaty, C. P. Hersh, E. K. Silverman, E. K. Silverman, T. Beaty, J. Bidinger, P. J. Castaldi, M. H. Cho, D. Conrad, D. L. DeMeo, A. R. El-Boueiz, M. G. Foreman, A. Ghosh, G. Hahn, N. N. Hansel, L. P. Hayden, C. Hersh, B. Hobbs, W. Kim, W. Kim, C. Lange, S. M. Lutz, M. L. McDonald, M. McGeachie, M. Moll, M. Morris, N. A. Patsopoulos, D. Qiao, E. A. Regan, I. Ruczinski, E. S. Wan, D. A. Lynch, H. O. Coxson, J. G. Dy, S. B. Fain, S. Ginsburg, E. A. Hoffman, S. Humphries, P. F. Judy, A. K. Stefanie Mason, A. Oh, C. Poynton, J. M. Reinhardt, J. Ross, R. San Jose Estepar, J. D. Schroeder, A. Sitek, R. M. Steiner, E. van Beek, B. V. Ginneken, E. van Rikxoort, G. R. Washko, R. Jensen, J. D. Crapo, C. C. John E Hokanson, S. P. Bhatt, R. Casaburi, P. J. Castaldi, J. L. Curtis, D. L. DeMeo, M. K. Han, C. P. Hersh, S. Humphries, V. Kim, D. A. Lynch, B. J. Make, N. Putcha, E. A. Regan, E. K. Silverman, M. J. Strand, S. Watts, C. Wilson, M. Han, S. P. Bhatt, J. Bon, A. A. Diaz, B. J. Make, E. Regan, C. Wilson, E. A. Regan, A. Anzueto, W. C. Bailey, J. Bon, R. P. Bowler, J. D. Crapo, G. J. Criner, M. T. Dransfield, M. K. Han, J. E. Hokanson, V. Kim, G. Kinney, B. J. Make, K. Sprenger, L. Stepp, C. Wilson, D. L. DeMeo, T. Benos, S. P. Bhatt, R. P. Bowler, M. T. Dransfield, M. G. Foreman, N. A. Hanania, N. N. Hansel, K. F. Hoth, V. Kim, A. Lambert, K. Lowe, B. J. Make, G. Oates, T. Parekh, N. Putcha, E. A. Regan, S. Watts, G. Westney, K. Young, M. K. Han, N. Putcha, A. Anzueto, A. Balasubramanian, S. P. Bhatt, J. Bon, A. Boriek, R. P. Bowler, R. Casaburi, M. H. Cho, D. Conrad, J. L. Curtis, D. L. DeMeo, A. A. Diaz, M. T. Dransfield, A. Fawzy, N. A. Hanania, N. N. Hansel, L. P. Hayden, C. P. Hersh, J. E. Hokanson, K. F. Hoth, F. Jacobson, V. Kim, G. Kinney, D. C. LaFon, A. Lambert, N. MacIntyre, B. J. Make, D. Maselli-Caceres, M. C. McCormack, M. L. McDonald, M. Moll, T. Parekh, E. A. Regan, F. Sciurba, E. K. Silverman, X. Soler, R. M. Steiner, V. Tejwani, E. J. van Beek, R. C. Wade, E. S. Wan, G. R. Washko, S. Watts, M. Wells, C. H. Wendt, K. Young, J. H. Yun, J. Zhang, J. D. Crapo, E. E. Austin, R. P. Bowler, P. J. Castaldi, L. Gillenwater, J. E. Hokanson, S. Humphries, G. Kinney, Y. Li, K. E. Lowe, D. A. Lynch, B. J. Make, M. Moll, K. A. Pratte, M. Ragland, E. A. Regan, N. Richmond, M. J. Strand, K. Young, E. A. Regan, A. Attaway, J. Bon, R. Casaburi, D. L. DeMeo, S. Humphries, B. J. Make, S. Mason, M. L. McDonald, H. B. Rossiter, P. K. Saha, R. San Jose Estepar, G. R. Washko, S. Watts, A. Wilson, K. Young, E. A. Regan, H. Amaza, A. Balasubramanian, A. Baldomero, S. P. Bhatt, R. Casaburi, J. Crooks, J. L. Curtis, D. L. DeMeo, A. A. Diaz, M. T. Dransfield, M. G. Foreman, M. Han, N. A. Hanania, N. N. Hansel, K. F. Hoth, V. Kim, G. Kinney, K. Lowe, B. J. Make, A. J. Mamary, G. Oates, J. O'Brien, T. Parekh, N. Putcha, S. Watts, G. Westney, R. A. Wise, K. Young, K. F. Hoth, S. P. Bhatt, S. Cummings, A. Czizik, D. L. DeMeo, M. T. Dransfield, M. Eakin, J. G. Fiedorowicz, M. G. Foreman, N. A. Hanania, B. Henkle, K. Holm, K. F. Hoth, A. Iyer, V. Kim, G. Kinney, K. M. Kunisaki, K. Lowe, B. J. Make, M. L. McDonald, C. McEvoy, T. Mkorombindo, G. Oates, T. Parekh, E. A. Regan, G. Shinozaki, S. Watts, R. A. Wise, A. Yohannes, M. H. Cho, P. J. Castaldi, T. Benos, R. Casaburi, J. D. Crapo, D. L. DeMeo, J. G. Dy, M. K. Han, L. P. Hayden, C. P. Hersh, B. D. Hobbs, G. Kinney, S. M. Lutz, D. A. Lynch, B. J. Make, B. E. Miller, E. A. Regan, S. I. Rennard, T. Retson, J. Ross, R. San Jose Estepar, F. Sciurba, E. K. Silverman, X. Soler, R. M. Steiner, E. J. van Beek, E. S. Wan, G. R. Washko, C. Wilson, K. Young, J. L. Curtis, L. McCloskey, P. G. Pernicano, N. A. Hanania, M. Atik, L. Bertrand, A. Boriek, T. Monaco, D. Narendra, V. V. Lenge de Rosen, D. L. DeMeo, C. P. Hersh, K. Badu-Danso, A. A. Diaz, L. P. Hayden, B. D. Hobbs, F. L. Jacobson, L. Kaufman, C. Maguire, C. Poynton, S. Struble, G. R. Washko, S. Wilson, J. H. Yun, J. Zhang, R. G. Barr, C. Almonte, J. H. M. Austin, M. L. Gomez Blum, B. M. D'Souza, E. Florez, R. Martinez, N. MacIntyre, W. Curry, H. P. McAdams, C. V. Reikofski, L. Washington, R. A. Wise, A. Balasubramanian, R. Brown, C. Clare, M. Daniel, A. Fawzy, N. N. Hansel, K. Horton, C. Ting Tony Lin, M. C. McCormack, T. Mirza, N. Putcha, M. Scott, B. Shade, R. Casaburi, M. Budoff, R. Calmelat, D. Cavanaugh, C. Dailing, L. Diaz, H. Fischer, R. L. Indelicato, J. Porszasz, H. B. Rossiter, A. Soriano, W. Stringer, M. Urrutia, C. H. Wendt, A. Baldomero, B. Bell, M. Deconcini, K. M. Kunisaki, C. McEvoy, L. Loes, J. Phelan, C. Robichaux, C. Sasse, J. H. Tashjian, E. L. Flenaugh, K. Abson, M. G. Foreman, H. Gebrekristos, P. Johnson, J. Jordan, M. Ponce, S. Terpenning, G. Westney, D. Wilson, R. P. Bowler, G. Broadhurst, D. Dyer, E. Engel, J. Finigan, A. Hill, A. Jones, R. Jones, J. Owen, D. A. Lynch, R. Rosiello, N. Andries, M. Charpentier, D. Kirk, D. Pace, G. J. Criner, D. Ciccolella, F. Cordova, C. Dass, G. D'Alonzo, V. Davis, P. Desai, D. Fehrle, C. Grabianowski, M. Jacobs, L. Jameson, G. M. Jones, S. Kelsen, V. Kim, A. J. Mamary, N. Marchetti, F. McGonagle, A. Satti, K. Shenoy, R. Sheridan, M. Vega-Sanchez, S. Wallace, S. P. Bhatt, S. Akinseye-Kolapo, W. C. Bailey, M. Baker, M. T. Dransfield, A. Goggins, A. Iyer, D. C. LaFon, A. McClain, M. L. McDonald, T. Mkorombindo, H. Nath, G. Oates, T. Parekh, S. P. Singh, S. K. Sonavane, R. C. Wade, M. Wells, E. Westfall, D. Conrad, M. Gil, T. El Hajjaoui, A. Hsiao, A. Martineau, J. Mielke, K. Perez, G. Querido, T. Reston, X. Soler, A. Yen, A. Comellas, S. Fortis, M. Galizia, E. Garcia, K. F. Hoth, J. Keating, A. Laroia, C. Lee, A. Meyer, B. Mullan, P. Nagpal, O. Ofori, K. Sprenger, and S. Suiter, “Longitudinal Association Between Muscle Loss and Mortality in Ever Smokers,” Chest, vol. 161, pp. 960--970, Apr. 2022. PMID: 34785234. [ DOI | http ]
[22]A. P. Trivedi, C. Hall, C. W. Goss, D. Lew, J. G. Krings, M. C. McGregor, M. Samant, J. P. Sieren, H. Li, K. B. Schechtman, J. Schirm, S. McEleney, S. Peterson, W. C. Moore, E. R. Bleecker, D. A. Meyers, E. Israel, G. R. Washko, B. D. Levy, J. K. Leader, S. E. Wenzel, J. V. Fahy, M. L. Schiebler, S. B. Fain, N. N. Jarjour, D. T. Mauger, J. M. Reinhardt, J. D. Newell, E. A. Hoffman, M. Castro, A. Sheshadri, E. Israel, B. Levy, M. Cernadas, G. R. Washko, K. Haley, J. C. Cardet, M. Duvall, V. Forth, M. Le, E. Fandozzi, A. O'Neill, K. Gentile, M. Cinelli, A. Tulchinsky, G. Lawrance, R. Czajkowski, P. Lemole, W. Antunes, A. McGinnis, K. Klokeid, W. Phipatanakul, W. Sheehan, L. Bartnikas, S. Baxi, E. Crestani, B. Etsy, J. Gaffin, M. Hauptman, D. Kantor, P. Lai, M. Louisias, K. Nelson, P. Permaul, L. Schneider, L. Wright, S. Minnicozzi, M. Maciag, M. Haktanir-Abul, S. Gunnlaugsson, E. Burke-Roberts, A. Cunningham, E. Ansel-Kelly, S. Waskosky, A. Ramsey, L. Feloney, S. Wenzel, M. Fajt, J. Celedon, A. Larkin, P. Di, H. W. Chu, M. Gauthier, W. Wu, S. Jain, M. Camiolo, C. Rauscher, F. Luyster, P. Rebovich, J. Demas, R. Wunderley, C. Vitari, M. Ilnicki, D. Srollo, C. Takosky, R. Lanzo, J. Leader, D. M. Lapic, E. Etling, D. Rhodes, J. Burger, E. Glover, A. Peters, C. Smith, N. Bonfiglio, J. Trudeau, S. J. Bang, Q. Lin, C. H. Liu, S. Kupul, N. Jarjour, L. Denlinger, R. Lemanske, S. Fain, R. Viswanathan, M. Moss, D. Jackson, R. Sorkness, S. Ramratnam, M. Tattersall, G. Crisafi, D. Klaus, L. Wollet, J. Bach, M. Johansson, M. Schiebler, S. Esnault, S. Mathur, J. Yakey, H. Floerke, A. Guadarrama, A. Maddox, B. Peters, K. Beaman, K. Sumino, M. Castro, L. Bacharier, D. Gierada, J. Woods, K. Schechtman, B. Patterson, A. Sheshadri, A. Coverstone, A. Shifren, J. Quirk, D. Byers, J. Krings, M. C. McGregor, M. Samant, J. Tarsi, T. Koch, V. Curtis, H. Yin-Declue, J. Boomer, M. Saylor, S. Frei, L. Rowe, G. Sajol, J. Kozlowski, E. Hoffman, E. Allard, J. Atha, L. Ching-Long, J. Fahy, P. Woodruff, N. Ly, N. Bhakta, M. Peters, C. Moreno, A. Baum, D. Liu, A. Kalra, X. Orain, A. Charbit, N. Njoku, E. Dunican, W. G. Teague, R. Greenwald, M. DeBoer, K. Wavell, K. deRonde, S. Erzurum, J. Carl, S. Khatri, R. Dweik, S. Comhair, J. Sharp, J. Lempel, S. Farha, R. Taliercio, M. Aronica, J. Zein, M. Koo, T. A. Painter, K. Hopkins, J. Lawrence, S. Abi-Saleh, M. Labadia, E. Qirjaz, R. Wehrmann, D. Arbruster, T. Markle, B. Matuska, S. Baicker-McKee, P. Wyszynski, K. Fitzgerald, K. Ross, B. Gaston, R. Myers, D. Craven, E. Roesch, R. Thomas, L. Logan, L. Veri, A. Gluvna, J. Wallace, M. Pryor, S. Smith, P. Allerton, T. Emrich, J. Hilliard, J. Krenicky, L. Smith, M. Ferrebee, W. Moore, E. Bleecker, D. Meyers, S. Peters, X. Li, A. Hastie, V. Ortega, G. Hawkins, J. Krings, E. Ampleford, A. Pippins, P. Field, B. Rector, R. Sprissler, B. Fransway, A. Fitzpatrick, S. Stephenson, D. T. Mauger, and B. Phillips, “Quantitative CT Characteristics of Cluster Phenotypes in the Severe Asthma Research Program Cohorts,” Radiology, p. 210363, Apr. 2022. PMID: 35471111. [ DOI | http ]
[23]M. F. A. Chaudhary, S. E. Gerard, D. Wang, G. E. Christensen, C. B. Cooper, J. D. Schroeder, E. A. Hoffman, and J. M. Reinhardt, “Single volume lung biomechanics from chest computed tomography using a mode preserving generative adversarial network,” in 2022 IEEE 19th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), pp. 1--5, 2022. [ DOI ]
[24]A. E. Wuschner, M. J. Flakus, E. M. Wallat, J. M. Reinhardt, D. Shanmuganayagam, G. E. Christensen, S. E. Gerard, and J. E. Bayouth, “CT-derived vessel segmentation for analysis of post-radiation therapy changes in vasculature and perfusion,” Front Physiol, vol. 13, p. 1008526, 2022. PMID: 36324304.
[25]A. E. Galloy, R. E. Amelon, J. M. Reinhardt, and M. Raghavan, “Contact mechanics model of lung lobar sliding,” Applications in Engineering Science, p. 100098, 2022. [ DOI | http ]
[26]D. Wang, Y. Pan, O. C. Durumeric, J. M. Reinhardt, E. A. Hoffman, J. D. Schroeder, and G. E. Christensen, “PLOSL: Population learning followed by one shot learning pulmonary image registration using tissue volume preserving and vesselness constraints,” Medical Image Analysis, vol. 79, p. 102434, 2022. PMID: 35430476. [ DOI | http ]
[27]E. M. Wallat, A. E. Wuschner, M. J. Flakus, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, D. Shanmuganayagam, and J. E. Bayouth, “Radiation-induced airway changes and downstream ventilation decline in a swine model,” Biomed Phys Eng Express, vol. 7, Oct. 2021. PMID: 34670195.
[28]J. Herrmann, S. E. Gerard, J. M. Reinhardt, E. A. Hoffman, and D. W. Kaczka, “Regional Gas Transport During Conventional and Oscillatory Ventilation Assessed by Xenon-Enhanced Computed Tomography,” Ann Biomed Eng, vol. 49, pp. 2377--2388, Sept. 2021. PMID: 33948747. [ http ]
[29]W. Shao, Y. Pan, O. C. Durumeric, J. M. Reinhardt, J. E. Bayouth, M. Rusu, and G. E. Christensen, “Geodesic density regression for correcting 4DCT pulmonary respiratory motion artifacts,” Med Image Anal, vol. 72, p. 102140, Aug. 2021. PMID: 34214957.
[30]A. E. Wuschner, E. M. Wallat, M. J. Flakus, D. Shanmuganayagam, J. Meudt, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, J. R. Miller, M. J. Lawless, A. M. Baschnagel, and J. E. Bayouth, “Radiation-induced Hounsfield unit change correlates with dynamic CT perfusion better than 4DCT-based ventilation measures in a novel-swine model,” Sci Rep, vol. 11, p. 13156, June 2021. PMID: 34162987.
[31]M. F. A. Chaudhary, S. E. Gerard, D. Wang, G. E. Christensen, C. B. Cooper, J. D. Schroeder, E. A. Hoffman, and J. M. Reinhardt, “Single volume lung biomechanics from chest computed tomography using a mode preserving generative adversarial network,” 2021. [ arXiv ]
[32]W. Shao, Y. Pan, O. C. Durumeric, J. M. Reinhardt, J. E. Bayouth, M. Rusu, and G. E. Christensen, “Geodesic density regression for correcting 4DCT pulmonary respiratory motion artifacts,” 2021. [ arXiv ]
[33]S. Bodduluri, A. Kizhakke Puliyakote, A. Nakhmani, J. P. Charbonnier, J. M. Reinhardt, and S. P. Bhatt, “Computed Tomography-based Airway Surface Area-to-Volume Ratio for Phenotyping Airway Remodeling in Chronic Obstructive Pulmonary Disease,” Am J Respir Crit Care Med, vol. 203, pp. 185--191, Jan. 2021. PMID: 32755486.
[34]P. Nagpal, A. Motahari, S. E. Gerard, J. Guo, J. M. Reinhardt, A. P. Comellas, E. A. Hoffman, and D. W. Kaczka, “Case Studies in Physiology: Temporal variations of the lung parenchyma and vasculature in asymptomatic COVID-19 pneumonia: a multispectral CT assessment,” J Appl Physiol (1985), vol. 131, pp. 454--463, 08 2021. PMID: 34166081.
[35]J. Herrmann, S. E. Gerard, W. Shao, Y. Xin, M. Cereda, J. M. Reinhardt, G. E. Christensen, E. A. Hoffman, and D. W. Kaczka, “Effects of Lung Injury on Regional Aeration and Expiratory Time Constants: Insights From Four-Dimensional Computed Tomography Image Registration,” Front Physiol, vol. 12, p. 707119, 2021. PMID: 34393824.
[36]S. E. Gerard, J. Herrmann, Y. Xin, K. T. Martin, E. Rezoagli, D. Ippolito, G. Bellani, M. Cereda, J. Guo, E. A. Hoffman, D. W. Kaczka, and J. M. Reinhardt, “CT image segmentation for inflamed and fibrotic lungs using a multi-resolution convolutional neural network,” Scientific Reports, vol. 11, no. 1, p. 1455, 2021. PMID: 33446781. [ DOI | http ]
[37]S. E. Gerard, J. Herrmann, Y. Xin, K. T. Martin, E. Rezoagli, D. Ippolito, G. Bellani, M. Cereda, J. Guo, E. A. Hoffman, D. W. Kaczka, and J. M. Reinhardt, “CT Image Segmentation for Inflamed and Fibrotic Lungs Using a Multi-Resolution Convolutional Neural Network,” ArXiv, Oct. 2020. PMID: 33469558.
[38]S. Bodduluri, A. Kizhakke Puliyakote, A. Nakhmani, J. P. Charbonnier, J. M. Reinhardt, and S. P. Bhatt, “CT-based airway surface area to volume ratio for phenotyping airway remodeling in chronic obstructive pulmonary disease,” Amer. J. Respiratory and Critical Care Medicine, Aug. 2020. PMID: 32755486.
[39]S. Bodduluri, A. Nakhmani, J. M. Reinhardt, C. G. Wilson, M. L. McDonald, R. Rudraraju, B. C. Jaeger, N. R. Bhakta, P. J. Castaldi, F. C. Sciurba, C. Zhang, P. V. Bangalore, and S. P. Bhatt, “Deep neural network analyses of spirometry for structural phenotyping of chronic obstructive pulmonary disease,” JCI Insight, vol. 5, July 2020. PMID: 32554922.
[40]W. Shao, T. J. Patton, S. E. Gerard, Y. Pan, J. M. Reinhardt, O. C. Durumeric, J. E. Bayouth, and G. E. Christensen, “N-Phase Local Expansion Ratio for Characterizing Out-of-Phase Lung Ventilation,” IEEE Trans. Medical Imaging, vol. 39, pp. 2025--2034, June 2020. PMID: 31899418.
[41]E. M. Wallat, M. J. Flakus, A. E. Wuschner, W. Shao, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, A. M. Baschnagel, and J. E. Bayouth, “Modeling the impact of out-of-phase ventilation on normal lung tissue response to radiation dose,” Medical Physics, Mar. 2020. PMID: 32187683.
[42]S. Gerard, J. Reinhardt, G. Christensen, G. Washko, and R. San Jose Estepar, “Clinical associations of direct estimation of local tissue expansion in smokers using deep learning,” in D28. COPD: FROM PATHOGENESIS TO PROGNOSIS, pp. A6419--A6419, American Thoracic Society, 2020.
[43]J. Herrmann, S. Gerard, W. Shao, Y. Xin, M. Cereda, J. Reinhardt, G. Christensen, E. Hoffman, and D. Kaczka, “Expiratory de-aeration occurs faster in poorly-vs. normally-aerated regions of the injured lung,” in B67. UNDERSTANDING LUNG INJURY: FROM GENE TO DYSFUNCTION, pp. A4107--A4107, American Thoracic Society, 2020.
[44]Y. Pan, G. E. Christensen, W. Shao, S. E. Gerard, O. C. Durumeric, G. D. Hugo, and J. M. Reinhardt, “Pulmonary blood vessel and lobe surface varifold (PVSV) registration,” in 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI 2020), 2020. Workshop on Interaction of Geometry and Topology in Biomedical Imaging (In press).
[45]M. F. A. Chaudhary, Y. Pan, D. Wang, S. Bodduluri, S. P. Bhatt, A. P. Comellas, E. A. Hoffman, G. E. Christensen, and J. M. Reinhardt, “Registration-invariant biomechanical features for disease staging of COPD in SPIROMICS,” in 2nd International Workshop on Thoracic Image Analysis, pp. 143--154, 2020.
[46]P. Wilhelm, J. M. Reinhardt, and D. Van Daele, “A deep learning approach to video fluoroscopic swallowing exam classification,” in 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), pp. 1647--1650, IEEE, 2020.
[47]Z. W. Althof, D. Kaczka, G. Musch, and J. M. Reinhardt, “PRM reveals prone vs. supine lung tissue expansion differences in an ovine model of ARDS,” in 2020 BMES Virtual Annual Meeting, 2020. (abstract).
[48]Z. W. Althof, S. E. Gerard, Y. Pan, G. E. Christensen, E. A. Hoffman, and J. M. Reinhardt, “Automatic quantification of pulmonary fissure integrity: A repeatability analysis,” in 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), pp. 581--585, IEEE, 2020.
[49]Y. Pan, G. E. Christensen, O. C. Durumeric, S. E. Gerard, S. P. Bhatt, R. G. Barr, E. A. Hoffman, and J. M. Reinhardt, “Assessment of lung biomechanics in COPD using image registration,” in 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), pp. 1891--1895, IEEE, 2020.
[50]S. E. Gerard, J. M. Reinhardt, G. E. Christensen, and R. S. J. Estépar, “Estimating local tissue expansion in thoracic computed tomography images using convolutional neural networks,” in 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), pp. 1856--1860, IEEE, 2020.
[51]J. Herrmann, S. E. Gerard, W. Shao, M. L. Hawley, J. M. Reinhardt, G. E. Christensen, E. A. Hoffman, and D. W. Kaczka, “Quantifying regional lung deformation using four-dimensional computed tomography,” Frontiers in Physiology, vol. 11, p. 14, 2020.
[52]S. E. Gerard, J. Herrmann, D. W. Kaczka, G. Musch, A. Fernandez-Bustamante, and J. M. Reinhardt, “Multi-Resolution convolutional neural networks for fully automated segmentation of acutely injured lungs in multiple species,” Med. Imag. Analysis, vol. 60, p. 101592, 2020.
[53]K. E. Lowe, E. A. Regan, A. Anzueto, E. Austin, J. H. M. Austin, T. H. Beaty, P. V. Benos, C. J. Benway, S. P. Bhatt, E. R. Bleecker, S. Bodduluri, J. Bon, A. M. Boriek, A. R. Boueiz, R. P. Bowler, M. Budoff, R. Casaburi, P. J. Castaldi, J. P. Charbonnier, M. H. Cho, A. Comellas, D. Conrad, C. Costa Davis, G. J. Criner, D. Curran-Everett, J. L. Curtis, D. L. DeMeo, A. A. Diaz, M. T. Dransfield, J. G. Dy, A. Fawzy, M. Fleming, E. L. Flenaugh, M. G. Foreman, S. Fortis, H. Gebrekristos, S. Grant, P. A. Grenier, T. Gu, A. Gupta, M. K. Han, N. A. Hanania, N. N. Hansel, L. P. Hayden, C. P. Hersh, B. D. Hobbs, E. A. Hoffman, J. C. Hogg, J. E. Hokanson, K. F. Hoth, A. Hsiao, S. Humphries, K. Jacobs, F. L. Jacobson, E. A. Kazerooni, V. Kim, W. J. Kim, G. L. Kinney, H. Koegler, S. M. Lutz, D. A. Lynch, N. R. MacIntye, B. J. Make, N. Marchetti, F. J. Martinez, D. J. Maselli, A. M. Mathews, M. C. McCormack, M. N. McDonald, C. E. McEvoy, M. Moll, S. S. Molye, S. Murray, H. Nath, J. D. Newell, M. Occhipinti, M. Paoletti, T. Parekh, M. Pistolesi, K. A. Pratte, N. Putcha, M. Ragland, J. M. Reinhardt, S. I. Rennard, R. A. Rosiello, J. C. Ross, H. B. Rossiter, I. Ruczinski, R. San Jose Estepar, F. C. Sciurba, J. C. Sieren, H. Singh, X. Soler, R. M. Steiner, M. J. Strand, W. W. Stringer, R. Tal-Singer, B. Thomashow, G. Vegas S?nchez-Ferrero, J. W. Walsh, E. S. Wan, G. R. Washko, J. Michael Wells, C. H. Wendt, G. Westney, A. Wilson, R. A. Wise, A. Yen, K. Young, J. Yun, E. K. Silverman, and J. D. Crapo, “COPDGene 2019: Redefining the Diagnosis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease,” Chronic Obstr Pulm Dis, vol. 6, pp. 384--399, Nov. 2019. PMID: 31710793.
[54]W. Shao, T. J. Patton, S. E. Gerard, Y. Pan, J. M. Reinhardt, O. C. Durumeric, J. E. Bayouth, and G. E. Christensen, “N-Phase Local Expansion Ratio for Characterizing Out-of-Phase Lung Ventilation,” IEEE Trans. Medical Imaging, vol. 39, no. 6, pp. 2025--2034, 2019. PMID: 31899418.
[55]E. Wallat, M. Flakus, A. Wuschner, W. Shao, S. Gerard, T. Patton, G. Christensen, J. Reinhardt, A. Baschnagel, and J. Bayouth, “Radiation dose response model for ventilation change using all phases of 4DCT,” Medical Physics, 2019. (abstract).
[56]A. Wuschner, E. Wallat, M. Flakus, S. Gerard, T. Patton, J. Reinhardt, G. Christensen, and J. Bayouth, “Vasculature anatomy change in nonsmall cell lung cancer patients post radiation therapy,” Medical Physics, 2019. (abstract).
[57]J. Bayouth, E. Wallat, A. Wuschner, M. Flakus, T. Patton, W. Shao, S. Gerard, J. Reinhardt, G. Christensen, and A. Baschnagel, “Longitudinal changes in lung tissue elasticity following radiation therapy,” Medical Physics, 2019. (abstract).
[58]M. Flakus, A. Wuschner, E. Wallat, W. Shao, S. Gerard, G. Christensen, J. Reinhardt, and J. Bayouth, “Improving the accuracy of 4DCT-based ventilation measurements using multiple phases,” Medical Physics, 2019. (abstract).
[59]S. Bodduluri, A. Nakhmani, P. Kandhare, T. Patel, S. Gerard, J. Reinhardt, C. Wilson, N. Bhakta, P. Castaldi, M.-L. McDonald, et al., “Prediction of emphysema and airway disease from spirometry using neural networks,” American Thoracic Society, 2019. (abstract).
[60]J. Herrmann, S. Gerard, W. Shao, J. Reinhardt, G. Christensen, E. Hoffman, M. Hawley, and D. Kaczka, “Multi-frequency oscillatory ventilation minimizes spatial gradients of regional strain using 4d CT image registration in porcine lung injury,” American Thoracic Society, 2019. (abstract).
[61]S. E. Gerard and J. M. Reinhardt, “Pulmonary lobe segmentation using a sequence of convolutional neural networks for marginal learning,” in 2019 IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI 2019), pp. 1207--1211, 2019. [ DOI ]
[62]J. Niu, M. Cai, Y. Shi, S. Ren, W. Xu, W. Gao, Z. Luo, and J. M. Reinhardt, “A Novel Method for Automatic Identification of Breathing State,” Sci Rep, vol. 9, p. 103, Jan. 2019. PMID: 30643176. [ DOI ]
[63]J. Kipritidis, B. A. Tahir, G. Cazoulat, M. S. Hofman, S. Siva, J. Callahan, N. Hardcastle, T. Yamamoto, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, N. Kadoya, T. J. Patton, S. E. Gerard, I. Duarte, B. Archibald-Heeren, M. Byrne, R. Sims, S. Ramsay, J. T. Booth, E. Eslick, F. Hegi-Johnson, H. C. Woodruff, R. H. Ireland, J. M. Wild, J. Cai, J. Bayouth, K. Brock, and P. J. Keall, “The VAMPIRE Challenge: A Multi-Institutional Validation Study of CT Ventilation Imaging,” Medical Physics, vol. 46, no. 3, pp. 1198--1217, 2019. PMID: 30575051. [ DOI ]
[64]S. E. Gerard, T. J. Patton, G. E. Christensen, J. E. Bayouth, and J. M. Reinhardt, “FissureNet: A deep learning approach for pulmonary fissure detection in CT images,” IEEE Trans. Medical Imaging, vol. 38, no. 1, pp. 156--166, 2019. PMID: 30106711. [ DOI ]
[65]T. J. Patton, S. E. Gerard, W. Shao, G. E. Christensen, J. M. Reinhardt, and J. E. Bayouth, “Quantifying ventilation change due to radiation therapy using 4DCT Jacobian calculations,” Medical Physics, vol. 45, pp. 4483--4492, Oct. 2018. PMID: 30047588. [ DOI ]
[66]S. Bodduluri, A. S. K. Puliyakote, S. E. Gerard, J. M. Reinhardt, E. A. Hoffman, J. D. Newell, H. P. Nath, M. K. Han, G. R. Washko, R. San Jose Estepar, M. T. Dransfield, S. P. Bhatt, and The COPDGene Investigators, “Airway fractal dimension predicts respiratory morbidity and mortality in COPD,” J. Clin. Invest., Oct. 2018. PMID: 30256767. [ DOI ]
[67]J. Bayouth, T. Patton, S. Gerard, W. Shao, G. Christensen, J. Reinhardt, and A. Baschnagel, “Signal processing analysis of breathing rates show improved spectral coherence when human subjects receive musical melody and voice instruction guidance,” Medical Physics, 2018. (abstract).
[68]T. Patton, S. Gerard, W. Shao, G. Christensen, J. Reinhardt, A. Baschnagel, and J. Bayouth, “Longitudinal assessment of 4DCT-derived ventilation change following radiation therapy,” Medical Physics, 2018. (abstract).
[69]S. E. Gerard, J. Herrmann, D. W. Kaczka, and J. M. Reinhardt, “Transfer learning for segmentation of injured lungs in computed tomography,” 2018. Biomedical Engineering Society Annual Meeting. Platform presentation.
[70]W. Shao, T. J. Patton, S. E. Gerard, Y. Pan, J. M. Reinhardt, J. E. Bayouth, O. C. Durumeric, and G. E. Christensen, “Detecting out-of-phase ventilation using 4DCT to improve radiation therapy for lung cancer,” in Image Analysis for Moving Organ, Breast, and Thoracic Images, pp. 251--259, Springer, 2018.
[71]S. E. Gerard, J. Herrmann, D. W. Kaczka, and J. M. Reinhardt, “Transfer learning for segmentation of injured lungs using coarse-to-fine convolutional neural networks,” in Image Analysis for Moving Organ, Breast, and Thoracic Images, pp. 191--201, Springer, 2018.
[72]W. Shao, S. E. Gerard, Y. Pan, T. J. Patton, J. M. Reinhardt, O. C. Durumeric, J. E. Bayouth, and G. E. Christensen, “Sensitivity analysis of Jacobian determinant used in treatment planning for lung cancer,” in Proc. SPIE Conf. Medical Imaging, SPIE, 2018.
[73]S. Bodduluri, S. E. Gerard, J. M. Reinhardt, E. A. Hoffman, J. D. Newell, H. P. Nath, M. Dransfield, and S. P. Bhatt, “Silent zones of disease in active smokers,” American Thoracic Society, 2018. (abstract).